柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：大原沙耶香 福山润 中井和哉 伊藤静 菊地美香 望月久代 矢岛晶子 武藤寿美 长岛雄一 藤田圭宣 保村真 铃木晶子 加藤英美里 水泽史绘 柿原彻也 铃木达央 浅沼晋太郎 下野纮 深泽岚 本名阳子 仙台惠理 那须惠 成田纱矢香 川村万梨阿 能登麻美子 中村千绘 川澄绫子 野田顺子 饭冢雅弓 冰上恭子 川田绅司 福原耕平 园崎未惠 玉川纱己子 谷育子 雨兰咲木子 小林由美子 古川登志夫 岛本须美 池田昌子 川上伦子
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演员：山下大辉 鸟海浩辅 福岛润 岸尾大辅 松冈祯丞 宫田幸季 诹访彩花 诹访部顺一 潘惠美 安元洋贵 森久保祥太郎 伊藤健太郎 代永翼 阿部敦 野岛健儿 宫野真守 前野智昭 吉野裕行 柿原彻也 日野聪
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